eDNA-stimulated cell dispersion from Caulobacter crescentus biofilms upon oxygen limitation is dependent on a toxin–antitoxin system
Notice bibliographique
Résumé
In their natural environment, most bacteria preferentially live as complex surface-attached multicellular colonies called biofilms. Biofilms begin with a few cells adhering to a surface, where they multiply to form a mature colony. When conditions deteriorate, cells can leave the biofilm. This dispersion is thought to be an important process that modifies the overall biofilm architecture and that promotes colonization of new environments. In Caulobacter crescentus biofilms, extracellular DNA (eDNA) is released upon cell death and prevents newborn cells from joining the established biofilm. Thus, eDNA promotes the dispersal of newborn cells and the subsequent colonization of new environments. These observations suggest that eDNA is a cue for sensing detrimental environmental conditions in the biofilm. Here, we show that the toxin–antitoxin system (TAS) ParDE 4 stimulates cell death in areas of a biofilm with decreased O 2 availability. In conditions where O 2 availability is low, eDNA concentration is correlated with cell death. Cell dispersal away from biofilms is decreased when parDE 4 is deleted, probably due to the lower local eDNA concentration. Expression of parDE 4 is positively regulated by O 2 and the expression of this operon is decreased in biofilms where O 2 availability is low. Thus, a programmed cell death mechanism using an O 2 -regulated TAS stimulates dispersal away from areas of a biofilm with decreased O 2 availability and favors colonization of a new, more hospitable environment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».