Immunoglobulin VDJ repertoires reveal hallmarks of germinal centers in unique cell clusters isolated from zebrafish (Danio rerio) lymphoid tissues
Notice bibliographique
Résumé
DNA mutagenesis during antibody affinity maturation has potentially oncogenic or autoimmune outcomes if not tightly controlled as it is in mammalian germinal centers. Cold blooded vertebrates lack germinal centers, yet have a functional Ig gene mutator enzyme, Aicda. In fish there are clusters of Aicda + cells encircled by pigmented ‘melano-macrophages’ and we test the hypothesis that these clusters are functionally analogous to germinal centers. Sequenced IgH VDJ repertoire libraries from individual isolated clusters showed evidence of B-cell clonal expansion and VDJ somatic hypermutation. Construction of Ig clonal lineage trees revealed that unlike surrounding lymphoid tissue, each cluster is dominated by a few B-cell VDJ clonotypes having hundreds of mutated variants. Recruitment of B-cells to the clusters appears to be ongoing, as there are additional Ig clones having smaller lineages. Finally, we show evidence for positive selection for replacement mutations in regions encoding the antigen contact loops, but not in the framework regions, consistent with functional antibody modification. Melano-macrophages appear to trap the Ag used for post-mutation B-cell selection, performing a role analogous to the follicular dendritic cells of mammalian germinal centers. These findings provide insights into the evolution of the affinity maturation process, the improvement of fish vaccines and possibly also the workings of atypical ectopic germinal centers generated in several human diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».