First detection of <i>Cyclopterus lumpus</i> virus in England, following a mortality event in farmed cleaner fish
Notice bibliographique
Résumé
Lumpfish are used routinely as cleaner fish to delouse farmed Atlantic salmon (Salmo salar) and are often translocated globally. In September 2021, an aquaculture production business in Dorset, England experienced considerable mortalities in consignments of lumpfish (Cyclopterus lumpus) imported from Norway. Following suspicion of infection with Cyclopterus lumpus virus (CLuV) by a veterinarian, commercial testing provided presumptive confirmation of a CLuV infection using reverse-transcription real-time polymerase chain reaction (RT-rPCR). Affected fish were later resampled by the Centre of Environment, Fisheries, and Aquaculture Science, Fish Health Inspectorate for screening of CLuV by RT-rPCR, and confirmation by conventional RT-PCR and sequence analysis. Additional samples were tested using isolation of viruses on cell cultures, bacteriology, histopathology, and PCR/rPCR techniques to investigate whether other pathogens of concern to the salmon aquaculture industry were also present. All samples tested negative for the presence of viral haemorrhagic septicaemia virus, infectious haematopoietic necrosis virus , nervous necrosis virus, infectious pancreatic necrosis virus , infectious salmon anaemia virus , ranavirus, and salmonid alphavirus. Four pools of ten samples tested positive by RT-rPCR for CLuV (Ct values between 19 and 29) and was confirmed using conventional RT-PCR. Sequence analysis showed that amplicons shared a 99.63 % match with the published sequences for CLuV. The CLuV has only recently been reported in aquatic animals and its full impact is not yet known. To the best of our knowledge this is the first report of CLuV in England.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».