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Enregistrement W4311924630 · doi:10.1101/2022.12.18.520881

A Unified Filtering Method for Estimating Asymmetric Orientation Distribution Functions: Where and How Asymmetry Occurs in the Brain

2022· preprint· en· W4311924630 sur OpenAlexaff
Charles Poirier, Maxime Descoteaux

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNIH Blueprint for Neuroscience ResearchMcDonnell Center for Systems NeuroscienceNational Institutes of Health
Mots-clésComputer scienceAsymmetryVoxelOrientation (vector space)Diffusion MRIArtificial intelligenceHuman Connectome ProjectAlgorithmPattern recognition (psychology)Computer visionMathematicsFunctional connectivityMagnetic resonance imagingPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Numerous filtering methods have been proposed for estimating asymmetric orientation distribution functions (ODFs) for diffusion magnetic resonance imaging (dMRI). It can be hard to make sense of all these different methods, which share similar features and result in similar outputs. The objectives of this work are two-fold: to disentangle the various filtering methods proposed in the past for estimating asymmetric ODFs, and to study the occurrence of asymmetric patterns in dMRI brain acquisitions. Hence, we describe a new filtering equation for estimating asymmetric ODFs resulting from the unification of these previously proposed filtering methods. Our method is distributed as an open-source GPU-accelerated python software to facilitate its integration into any existing dMRI processing pipeline. Following its validation on toy datasets, we apply our method to multi-shell multi-tissue fiber ODF reconstructions for 21 subjects from the Human Connectome Project in test-retest acquisitions. Our results show that our method estimates branching, fanning, bending, ending and other complex asymmetric fiber configurations in less than 2 minutes. Also, our novel number of fiber directions (NuFiD) index reveals that the filtering reduces the number of peak directions in the resulting asymmetric representation. Finally, our MNI-aligned template of asymmetries, describing the degree of asymmetry of each voxel, suggests that at least 60% of brain voxels in a dMRI acquisition contain asymmetric fiber configurations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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