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Enregistrement W4311942895 · doi:10.1186/s12864-022-09062-x

Genome-wide association study identifies novel loci associated with skin autofluorescence in individuals without diabetes

2022· article· en· W4311942895 sur OpenAlexaff
Charlotte E. Vollenbrock, Delnaz Roshandel, Melanie M. van der Klauw, Bruce H. R. Wolffenbuttel, Andrew D. Paterson

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Glycation End Products research
Établissements canadiensPublic Health OntarioHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesUniversitair Medisch Centrum GroningenMinisterie van Volksgezondheid, Welzijn en SportRijksuniversiteit Groningen
Mots-clésGenome-wide association studyGenetic associationBiologySingle-nucleotide polymorphismGeneticsLinkage disequilibriumHeritabilitySNPPopulationGenetic architectureQuantitative trait locusGenotypeMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Skin autofluorescence (SAF) is a non-invasive measure reflecting accumulation of advanced glycation endproducts (AGEs) in the skin. Higher SAF levels are associated with an increased risk of developing type 2 diabetes and cardiovascular disease. An earlier genome-wide association study (GWAS) revealed a strong association between NAT2 variants and SAF. The aim of this study was to calculate SAF heritability and to identify additional genetic variants associated with SAF through genome-wide association studies (GWAS). RESULTS: ): 1. rs2846707 (Chr11:102,576,358,C > T), which results in a Met30Val missense variant in MMP27 exon 1 (NM_022122.3); 2. rs2470893 (Chr15:75,019,449,C > T), in intergenic region between CYP1A1 and CYP1A2; with attenuation of the SNP-effect when coffee consumption was included as a covariate; 3. rs12931267 (Chr16:89,818,732,C > G) in intron 30 of FANCA and near MC1R; and following conditional analysis 4. rs3764257 (Chr16:89,800,887,C > G) an intronic variant in ZNF276, 17.8 kb upstream from rs12931267; finally, 30 kb downstream from NAT2 5. rs576201050 (Chr8:18,288,053,G > A). CONCLUSIONS: This large meta-GWAS revealed five SNPs at four loci associated with SAF in the non-diabetes population. Further unravelling of the genetic architecture of SAF will help in improving its utility as a tool for screening and early detection of diseases and disease complications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,077
Score d'incertitude au seuil0,730

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,273
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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