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Enregistrement W4312050448 · doi:10.1101/2022.12.07.519498

A Scoping Review of Mathematical Models Covering Alzheimer’s Disease Progression

2022· review· en· W4312050448 sur OpenAlexaff
Seyedadel Moravveji, Nicolas Doyon, Javad Mashreghi, Simon Duchesne

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAlzheimer's disease research and treatments
Établissements canadiensUniversité LavalInstitut Universitaire en Santé Mentale de Québec
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésOrdinary differential equationComputer scienceMathematical modelParametric statisticsCurse of dimensionalityFactorialApplied mathematicsMathematicsMachine learningDifferential equationStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Alzheimer’s disease is a complex, multi-factorial and multi-parametric neurodegenerative etiology. Mathematical models can help understand such a complex problem by providing a way to explore and conceptualize principles, merging biological knowledge with experimental data into a model amenable to simulation and external validation, all without the need for extensive clinical trials. We performed a scoping review of mathematical models of AD with a search strategy applied to the PubMed database which yielded 846 entries. After applying our exclusion criteria, only 17 studies remained from which we extracted data, focusing on three aspects of mathematical modeling: how authors addressed continuous time, how models were solved, and how the high dimensionality and non-linearity of models were managed. Most articles modeled AD at the cellular range of the disease process, operating on a short time scale (e.g., minutes; hours), i.e., the micro view (12/17); the rest considered regional or brain-level processes, with longer timescales (e.g., years, decades) (the macro view). Most papers were concerned primarily with Aβ ( n = 8), few modeled with both Aβ and tau proteins ( n = 3), and some considered more than these two factors in the model ( n = 6). Models used partial differential equations ( PDEs ; n = 3), ordinary differential equations ( ODEs ; n = 7), both PDEs and ODEs ( n = 3). Some didn’t specify the mathematical formalism ( n = 4). Sensitivity analyses were performed in only a small number of papers (4/17). Overall, we found that only two studies could be considered valid in terms of parameters and conclusions, and two more were partially valid. The majority ( n = 13) either was invalid or there was insufficient information to ascertain their status. While mathematical models are powerful and useful tools for the study of AD, closer attention to reporting is necessary to gauge the quality of published studies to replicate or continue with their contributions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,011
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,065
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: Revue systématique
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,059

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0110,065
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,007
Bibliométrie0,0230,019
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0040,004
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,089
Tête enseignante GPT0,366
Écart entre enseignants0,277 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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