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Deciphering colorectal cancer genetics through multi-omic analysis of 100,204 cases and 154,587 controls of European and east Asian ancestries
Ceres Fernández–Rozadilla, Maria Timofeeva, Zhishan Chen, Philip Law, Minta Thomas, Stephanie L. Schmit, Virginia Díez‐Obrero, Li Hsu, Juan Fernández‐Tajes, Claire Palles, Kitty Sherwood, Sarah Briggs, Victoria Svinti, Kevin Donnelly, Susan M. Farrington, James P. Blackmur, P G Vaughan-Shaw, Xiao‐Ou Shu, Jirong Long, Qiuyin Cai, Xingyi Guo, Yingchang Lu, Peter Broderick, James B. Studd, Jeroen R. Huyghe, Tabitha A. Harrison, David V. Conti, Christopher H. Dampier, Mathew Devall, Fredrick R. Schumacher, Marilena Melas, Gad Rennert, Mireia Obón‐Santacana, Vicente Martín, Ferrán Moratalla-Navarro, Jae Hwan Oh, Jeongseon Kim, Sun Ha Jee, Keum Ji Jung, Sun‐Seog Kweon, Min‐Ho Shin, Aesun Shin, Yoon‐Ok Ahn, Dong-Hyun Kim, Isao Oze, Wanqing Wen, Keitaro Matsuo, Koichi Matsuda, Chizu Tanikawa, Zefang Ren, Yu‐Tang Gao, Wei‐Hua Jia, John L. Hopper, Mark A. Jenkins, Aung Ko Win, Rish K. Pai, Jane C. Figueiredo, Robert W. Haile, Steven Gallinger, Michael O. Woods, Polly A. Newcomb, David Duggan, Jeremy P. Cheadle, Richard Kaplan, Tim Maughan, Rachel Kerr, David Kerr, Iva Kirac, Jan Böhm, Lukka-Pekka Mecklin, Pekka Jousilahti, Paul Knekt, Lauri A. Aaltonen, Harri Rissanen, Eero Pukkala, Johan G. Eriksson, Tatiana Cajuso, Ulrika A. Hänninen, Johanna Kondelin, Kimmo Palin, Tomas Tanskanen, Laura Renkonen‐Sinisalo, Brent W. Zanke, Satu Männistö, Demetrius Albanes, Stephanie J. Weinstein, Edward Ruiz-Narváez, Julie R. Palmer, Daniel D. Buchanan, Elizabeth A. Platz, Kala Visvanathan, Cornelia M. Ulrich, Erin M. Siegel, Stefanie Brezina, Andrea Gsur, Peter T. Campbell, Jenny Chang‐Claude, Michael Hoffmeister, Hermann Brenner, Martha L. Slattery, John D. Potter, Konstantinos K. Tsilidis, Matthias B. Schulze, Marc J. Gunter, Neil Murphy, Antoni Castells, Sergi Castellvı́-Bel, Leticia Moreira, Volker Arndt, Anna Shcherbina, Mariana C. Stern, Bens Pardamean, D. Timothy Bishop, Graham G. Giles, Melissa C. Southey, Gregory Idos, Kevin McDonnell, Zomoroda Abu‐Ful, Joel K. Greenson, Katerina Shulman, Flavio Lejbkowicz, Kenneth Offit, Yu‐Ru Su, Robert S. Steinfelder, Temitope O. Keku, Bethany Van Guelpen, Thomas J. Hudson, Heather Hampel, Rachel Pearlman, Sonja I. Berndt, Richard B. Hayes, Marie Elena Martinez, Sushma Thomas, Douglas A. Corley, Paul D.P. Pharoah, Susanna C. Larsson, Yun Yen, Heinz‐Josef Lenz, Emily White, Li Li, Kimberly F. Doheny, Elizabeth Pugh, Tameka Shelford, Andrew T. Chan, Marcia Cruz‐Correa, Annika Lindblom, David J. Hunter, Amit D. Joshi, Clemens Schafmayer, Peter C. Scacheri, Anshul Kundaje, Deborah A. Nickerson, Robert E. Schoen, Jochen Hampe, Zsofia K. Stadler, Pavel Vodička, Ludmila Vodičková, Veronika Vymetálková, Nickolas Papadopoulos, Chistopher Edlund, W. James Gauderman, Duncan C. Thomas, David Shibata, Amanda E. Toland, Sanford D. Markowitz, Andre Kim, Stephen J. Chanock, Fränzel van Duijnhoven, Edith J. M. Feskens, Lori C. Sakoda, Manuela Gago-Domínguez, Alicja Wolk, Alessio Naccarati, Barbara Pardini, Liesel M. FitzGerald, Soo Chin Lee, Shuji Ogino, Stephanie A. Bien, Charles Kooperberg, Christopher Li, Yi Lin, Ross L. Prentice, Conghui Qu, Stéphane Bezieau, Catherine M. Tangen, Elaine R. Mardis, Taiki Yamaji, Norie Sawada, Motoki Iwasaki, Christopher A. Haiman, Loı̈c Le Marchand, Anna H. Wu, Chenxu Qu, Caroline McNeil, Gerhard A. Coetzee, Caroline Hayward, Ian J. Deary, Sarah E. Harris, Evropi Τheodoratou, S. Reid, Marion Walker, Li Yin Ooi, Vı́ctor Moreno, Graham Casey, Stephen B. Gruber, Ian Tomlinson, Wei Zheng, Malcolm G. Dunlop, Richard S. Houlston, Ulrike Peters
Notice bibliographique
RevueNature Genetics · 2022
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Institute of Environmental Health SciencesNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilSchool of Medicine, Vanderbilt UniversityUniversitat de BarcelonaVanderbilt-Ingram Cancer CenterUniversity of OxfordUSC Norris Comprehensive Cancer CenterUniversity of Southern CaliforniaWorld Health OrganizationCancer Research UKVanderbilt University Medical CenterEuropean CommissionCase Comprehensive Cancer Center, Case Western Reserve UniversityUniversity of WashingtonNational Cancer InstituteCleveland ClinicVanderbilt UniversityFred Hutchinson Cancer Research CenterCancer Research WalesNational Institutes of HealthOffice of Research Infrastructure Programs, National Institutes of HealthSyddansk UniversitetU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBiologyColorectal cancerComputational biologyCancerGenetics
Résumé
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.
Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,069
Tête enseignante GPT0,369
Écart entre enseignants0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations242
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentnon