On-Strand Aldehyde Capture by an Indanone Building Block:A Modular Aldol Approach for Fluorescent Molecular RotorNucleobase Surrogates
Notice bibliographique
Résumé
Fluorescent molecular rotors (FMRs) are critical tools for monitoring nucleic acid structure and function. Many valuable probes are capable of sitespecific insertion into oligonucleotides, although the methods of doing so can be arduous and lack modularity. Development of modular and more user amenable insertion methods is thus crucial to expand the biotechnological applications of oligonucleotides in what is a rapidly expanding field. Herein we report the utility of 6-hydroxy-indanone (6HI) with a glycol backbone for on-strand aldehyde capture as a modular aldol approach with synthetic ease for site-specific insertion of internal FMRs. The 6HI phosphoramidite is produced in two steps and inserted into DNA using solid-phase synthesis. On-strand aldol with aromatic aldehydes containing N-donors proceeds in quantitative yield via sodium hydroxide to create a highly functional and unique library of FMR chalcones with emissions that span the visible region (em 490- 680 nm). The FMRs provide turn-on fluorescence (Irel, 2-75-fold) upon hybridization with probe brightness up to 15,000 cm-1M-1 . The library also contains FRET pairs and dual emission probes, suitable for ratiometric sensing. The simplicity and functionality of the 6HI building block permits its future wide-spread use in a range of biosensing applications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».