Empowering ecological modellers with a <scp>PERFICT</scp> workflow: Seamlessly linking data, parameterisation, prediction, validation and visualisation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Modelling is widely used in ecology and its utility continues to increase as scientists, managers and policy‐makers face pressure to effectively manage ecosystems and meet conservation goals with limited resources. As the urgency to forecast ecosystem responses to global change grows, so do the number and complexity of predictive ecological models and the value of iterative prediction, both of which demand validation and cross‐model comparisons. This challenges ecologists to provide predictive models that are reusable, interoperable, transparent and able to accommodate updates to both data and algorithms. We propose a practical solution to this challenge based on the PERFICT principles (frequent Predictions and Evaluations of Reusable, Freely accessible, Interoperable models, built within Continuous workflows that are routinely Tested), using a modular and integrated framework. We present its general implementation across seven common components of ecological model applications—(i) the modelling toolkit; (ii) data acquisition and treatment; (iii) model parameterisation and calibration; (iv) obtaining predictions; (v) model validation; (vi) analysing and presenting model outputs; and (vii) testing model code—and apply it to two approaches used to predict species distributions: (1) a static statistical model, and (2) a complex spatiotemporally dynamic model. Adopting a continuous workflow enabled us to reuse our models in new study areas, update predictions with new data, and re‐parameterise with different interoperable modules using freely accessible data sources, all with minimal user input. This allowed repeating predictions and automatically evaluating their quality, while centralised inputs, parameters and outputs, facilitated ensemble forecasting and tracking uncertainty. Importantly, the integrated model validation promotes a continuous evaluation of the quality of more‐ or less‐parsimonious models, which is valuable in predictive ecological modelling. By linking all stages of an ecological modelling exercise, it is possible to overcome common challenges faced by ecological modellers, such as changing study areas, choosing between different modelling approaches, and evaluating the appropriateness of the model. This ultimately creates a more equitable and robust playing field for both modellers and end users (e.g. managers), and contributes to position predictive ecology as a central contributor to global change forecasting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».