Standardized preprocessed derivatives for the Comprehensive Assessment of Neurodegeneration and Dementia (COMPASS‐ND) Study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The Comprehensive Assessment of Neurodegeneration and Dementia (COMPASS‐ND) cohort of the pan‐Canadian Consortium on Neurodegeneration in Aging (CCNA) provides imaging on participants following a standardized protocol. This imaging contribution to deep phenotyping is done to study the full spectrum of age‐related dementias in more than 1,100 individuals (50‐90y) with subjective or mild cognitive impairment, Alzheimer’s disease, other dementias, or otherwise cognitively unimpaired. To accelerate discovery, we propose to release biomarkers extracted from these acquisitions. Here we present preliminary (N=385, AD=39) preprocessing methods, quality control, and available derivatives of the resting‐state functional (rsfMRI), diffusion weighted (DWI), and structural magnetic resonance images. Method fMRI data was preprocessed using fMRIprep v20.2.1. Sørensen–Dice similarity measure was computed between individual masks and group templates using our internal BIDS app. Functional connectome of 101 regions from Dictionary of Functional Modes (DiFuMo) 64 dimension atlas were calculated with confounds removed. Mean network connectivity for the Yeo7 networks was summarized from connectomes. DWI data underwent robust quality control and preprocessing using Tractoflow. Bundle extraction and mean metric computation was done using freewater_flow, rbx_flow and tractometry_flow. Structural scans were preprocessed and segmented using iterativeN3 and MAGeT‐brain to obtain subcortical and cerebellar volumes. As a validation, a subset of variables associated with aging in the literature was tested for association with participant age using simple correlation. Result The functional Dice score was 0.915 (SD=0.017, N=390) and structural was 0.988 (SD=0.004, N=381). Age was significantly associated with mean DMN connectivity (r=‐0.226, p<0.001), bilateral inferior fronto‐occipital fasciculus freewater (r=0.533, p<0.001), and bilateral thalamus volume (r=‐0.243, p<0.001). Conclusion Derivatives obtained include: functional connectomes using DiFuMo64, network connectivity from Yeo7, DWI measures for major fiber tracts, and segmented subcortical and cerebellar volumes. The results of the quality and validity checks indicate the derivatives would be useful for the study of age‐related dementias. Full quality control and release of the complete COMPASS‐ND preprocessed imaging dataset and derivatives should be completed in 2022. For information on access see ccna‐ccnv.ca.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».