<i>TREM2</i> Variants in Parkinson’s Disease: Results from the Parkinson’s Progression Markers Initiative (PPMI) Study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background While TREM2 coding variants are known risk factors for Alzheimer’s disease, their contribution to Parkinson’s disease (PD) risk is less clear. We hypothesized that rare coding variants in TREM2 are associated with increased risk for Parkinson’s disease (PD), and that carriers of TREM2 coding variants represent a subtype of PD cases with different clinical characteristics and disease trajectory. Method TREM2 coding variants were obtained from the whole genome sequencing data available on LONI ( https://ida.loni.usc.edu/ ) using VCFtools and annotated using Annovar for all individuals enrolled in the Parkinson’s Progression Markers Initiative (PPMI, N=1736), a longitudinal study of biomarkers of PD onset and progression. Of the 12 coding variants obtained, 8 variants that had reported or predicted pathogenic function were further analyzed. Fischer’s Exact 2‐sided tests were used to investigate enrichment of all variant carriers, as well as enrichment of specific variants with >20 carriers in the cohort, in sporadic (non‐genetic) PD (sPD) cases compared to controls. Enriched variants were tested for association with PD‐related measures including the MDS‐Unified Parkinson’s Disease Rating Scale (MDS‐UPDRS) total score, Montreal Cognitive Assessment (MoCA) score, Geriatric Depression Scale (GDS)‐15 score, and the University of Pennsylvania Smell Identification Test (UPSIT) score. Result TREM2 variant carriers (total N=77) were enriched in PD cases compared to controls (p=0.002). Within variant analysis showed enrichment of p.R62H carriers (p=0.027), but not p.R47H carriers (p=0.667) in sPD. While there was no significant difference in MDS‐UPDRS (p=0.763) or MoCA (p=0.815) at baseline between p.R62H sPD carriers and non‐carriers, p.R62H carriers were more likely to have a MoCA score <21 at a subsequent visit [HR (95% CI) = 2.78 (1.19‐6.49)], though this effect was not significant in an age‐adjusted model [HR (95% CI) = 2.28 (0.97‐5.34]. Compared to non‐carriers, p.R62H carriers showed a trend for more depressive symptoms (p=0.078) and had worse anosmia (p=0.002). Conclusion TREM2 rare coding variants are more common in PD, suggesting that TREM2 may contribute to the genetic etiology of this disease. Interestingly, p.R47H, a risk factor for Alzheimer’s disease, does not appear to contribute to sPD risk, whereas p.R62H may be a novel risk factor for PD.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».