Emergence and Dissemination of Extraintestinal Pathogenic High-Risk International Clones of Escherichia coli
Notice bibliographique
Résumé
Multiresistant Escherichia coli has been disseminated worldwide, and it is one of the major causative agents of nosocomial infections. E. coli has a remarkable and complex genomic plasticity for taking up and accumulating genetic elements; thus, multiresistant high-risk clones can evolve. In this review, we summarise all available data about internationally disseminated extraintestinal pathogenic high-risk E. coli clones based on whole-genome sequence (WGS) data and confirmed outbreaks. Based on genetic markers, E. coli is clustered into eight phylogenetic groups. Nowadays, the E. coli ST131 clone from phylogenetic group B2 is the predominant high-risk clone worldwide. Currently, strains of the C1-M27 subclade within clade C of ST131 are circulating and becoming prominent in Canada, China, Germany, Hungary and Japan. The C1-M27 subclade is characterised by blaCTX-M-27. Recently, the ST1193 clone has been reported as an emerging high-risk clone from phylogenetic group B2. ST38 clone carrying blaOXA-244 (a blaOXA-48-like carbapenemase gene) caused several outbreaks in Germany and Switzerland. Further high-risk international E. coli clones include ST10, ST69, ST73, ST405, ST410, ST457. High-risk E. coli strains are present in different niches, in the human intestinal tract and in animals, and persist in environment. These strains can be transmitted easily within the community as well as in hospital settings. WGS analysis is a useful tool for tracking the dissemination of resistance determinants, the emergence of high-risk mulitresistant E. coli clones and to analyse changes in the E. coli population on a genomic level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».