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Enregistrement W4312128728 · doi:10.1038/s41467-022-35491-z

Author Correction: The retaining β-Kdo glycosyltransferase WbbB uses a double-displacement mechanism with an intermediate adduct rearrangement step

2022· erratum· en· W4312128728 sur OpenAlexaff
Taylor J. B. Forrester, Olga G. Ovchinnikova, Zhixiong Li, Elena N. Kitova, Jeremy T. Nothof, Akihiko Koizumi, John S. Klassen, Todd L. Lowary, Chris Whitfield, Matthew S. Kimber

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typeerratum
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématique14-3-3 protein interactions
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMechanism (biology)GlycosyltransferaseAdductDisplacement (psychology)StereochemistryChemistryBiochemistryEnzymePhilosophyPsychologyOrganic chemistryEpistemology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The original version of this Article contained an error in the introduction, which incorrectly stated ‘Quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) simulations of this enzyme do indicate participation of Glu303 in the mechanism, but the covalent-like interaction is highly transitory, lasting only for only a few picoseconds 8 and mutation of this residue to cysteine or aspartate only slightly slows the reaction 9 .’ The correct version states ‘Quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) metadynamics analysis of a bovine GT-6’s mechanism predicts that, while the substrates are organized very similarly to other retaining GTs, the donor saccharide forms an intermediate glutamate-galactose covalent adduct prior to transfer to the acceptor 8 ; however, in later experiments on human GT-6, mutation of Glu303 to cysteine or aspartate was found to only slightly slow the reaction 9 .’

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,016
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,083

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,016
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0040,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0250,020

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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