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Enregistrement W4312246420 · doi:10.1161/res.131.suppl_1.p3092

Abstract P3092: Transcriptomic Landscape Of The Postnatal Atrioventricular Conduction System

2022· article· en· W4312246420 sur OpenAlexaff
Yena Oh, David P. Cook, Jin G. Park, Barbara C. Vanderhyden, Nikhil Munshi, Kyoung-Han Kim

Notice bibliographique

RevueCirculation Research · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAtrioventricular nodePurkinje fibersBiologyElectrical conduction system of the heartAnatomyTranscriptomeBundle branchesCell biologyInternal medicineElectrophysiologyNeuroscienceGeneticsMedicineGeneGene expressionElectrocardiography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The atrioventricular conduction system (AVCS) is a network of specialized cardiomyocytes responsible for coordinated spreading of electrical impulses throughout the heart to allow synchronized contractions. Specifically, it is composed of the AV node (AVN), which delays the electrical signal, and the ventricular conduction system (VCS) (i.e. His bundle, bundle branches and Purkinje fibers), which rapidly propagates the signal throughout the ventricles. Although these AVCS structures were discovered >100 years ago, its molecular constituents are not fully known. In this study, AVCS cells, making up ~0.05% of myocytes (~500 cells/heart), were isolated from early postnatal hearts (Postnatal day 1 to 4) of fluorescent reporter mice (Cntn2- Cre;Rosa26TdTomato), purified using fluorescence-activated cell sorting, and were subjected to single-cell RNA-sequencing. Unbiased cluster analysis on ~7000 AVCS cells demonstrated distinct transcriptomic profiles in the AVN, proximal-VCS (i.e. His bundle and bundle branches) and distal-VCS (i.e. Purkinje fibers). Conforming to previous studies, global conduction markers, such as Etv1 and Kcne1, were present throughout the entire AVCS, whereas a VCS-specific TF, Irx3 , was expressed only in the VCS. Additionally, Tbx3, Pcp4, Nppa and Lyz2 were enriched in the proximal, not distal, VCS. Sub-clustering analysis of AVN and proximal-VCS further identified unique molecular profiles, such as Shox2 (in compact AVN) and Rspo3 (likely in lower nodal region connecting AVN and proximal-VCS). Moreover, we uncovered a potential regulatory relationship between Irx3 and Tbx3 in the AVCS, mediating their downstream targets, Gja5 and Gja1 . In Irx3 and Tbx3 -positive proximal-VCS, Gja5 and Gja1 expressions were lower compared to only Irx3 -positive distal-VCS, whereas in only Tbx3 -positive AVN, both Gja5 and Gja1 expressions were undetected. Importantly, this regional difference was recapitulated in cultured neonatal mouse atrial and ventricular myocytes overexpressing Irx3 and/or Tbx3 . Overall, our study provides a comprehensive view of the cellular and molecular heterogeneity within the postnatal AVCS at a high-resolution and reveals novel gene regulatory mechanisms that may govern the development of the AVCS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,724
Score d'incertitude au seuil0,342

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,318
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
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