SARS-CoV-2 in Nursing Homes: Analysis of Routine Surveillance Data in Four European Countries
Notice bibliographique
Résumé
Background: Transmission of SARS-CoV-2 in nursing homes is poorly documented.Methods: Using surveillance data of 228 European private nursing homes, we estimated weekly SARS-CoV-2 incidences and compared to that in the general population, between August 3, 2020 and February 20, 2021. We studied the outcomes of 'episodes of introduction' where one case was first detected and computed attack rates, reproduction ratio (R), and dispersion parameter (k). We estimated the impact of vaccination in preventing SARS-CoV-2 transmission.Findings: During the period, 21,467 residents and 14,371 staff members were in the surveyed facilities. Before vaccination’s roll-out, a cumulated 5,579 SARS-CoV-2 infections were documented among residents and 2,321 among staff. Half (48∙0%) of the infected residents were symptomatic; the fatality rate was 12.7% (95%CI, 11∙9%-13∙6%). The timing of viral circulation in nursing homes did not mirror that in the general population (p-values <0∙001). Out of 502 episodes of SARS-CoV-2 introduction, 77.1% (95%CI, 73∙2%-80∙6%) led to additional cases. Attack rates were highly variable, ranging from 0∙4% to 86∙5%. The reproduction ratio was 1∙16 (95%CI, 1∙11-1∙22) with k = 2∙5 (95%CI, 0∙5-4∙5). Higher staffing ratio and previous natural immunization reduced the probability of an outbreak following introduction. Vaccination started on January 15, 2021, and coverage reached 65.0% among residents, and 42.0% among staff by February 20, 2021. Vaccination yielded a 92% reduction (95%CI, 71%-98%) of outbreak probability, and lowered R to 0∙87 (95%CI, 0∙69-1∙10).Interpretation: SARS-CoV-2 circulation in nursing homes did not mirror spread in the general population. Despite strong preventive measures, transmission likely occurred, regardless of building characteristics. High levels of vaccination were critical to prevent transmission.Funding: None.Declaration of Interest: JA is a member of a group which reports to the Public Health Risk Science Division of the Public Health Agency of Canada. PE-H and VK are employed by the Colisee group. Ethical Approval: For each participating nursing home, we collected the number of beds and rooms and computed a staff to resident ratio. Data collection complied with the European General Data Protection Regulation (GDPR). Individual consent was not required to use of routinely collected aggregated surveillance data, but as required by the GDPR, residents and staff were informed of their right to access the data. Only anonymized daily counts were available for analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».