Dynamic regulation of gonadal transposon control across the lifespan of the naturally short-lived African turquoise killifish
Notice bibliographique
Résumé
Although germline cells are considered to be functionally “immortal,” both the germline and supporting somatic cells in the gonad within an organism experience aging. With increased age at parenthood, the age-related decline in reproductive success has become an important biological issue for an aging population. However, molecular mechanisms underlying reproductive aging across sexes in vertebrates remain poorly understood. To decipher molecular drivers of vertebrate gonadal aging across sexes, we perform longitudinal characterization of the gonadal transcriptome throughout the lifespan in the naturally short-lived African turquoise killifish ( Nothobranchius furzeri ). By combining mRNA-seq and small RNA-seq from 26 individuals, we characterize the aging gonads of young-adult, middle-aged, and old female and male fish. We analyze changes in transcriptional patterns of genes, transposable elements (TEs), and piRNAs. We find that testes seem to undergo only marginal changes during aging. In contrast, in middle-aged ovaries, the time point associated with peak female fertility in this strain, PIWI pathway components are transiently down-regulated, TE transcription is elevated, and piRNA levels generally decrease, suggesting that egg quality may already be declining at middle-age. Furthermore, we show that piRNA ping-pong biogenesis declines steadily with age in ovaries, whereas it is maintained in aging testes. To our knowledge, this data set represents the most comprehensive transcriptomic data set for vertebrate gonadal aging. This resource also highlights important pathways that are regulated during reproductive aging in either ovaries or testes, which could ultimately be leveraged to help restore aspects of youthful reproductive function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».