Regulation of gene expression by the immunoproteasome (P5049)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Proteasomes play crucial roles in regulating fundamental cellular processes in eukaryotic cells. Catalytic subunits β1, β2 and β5 of the proteasome are replaced by LMP2, MECL-1 and LMP7 to form the immunoproteasome (IPr). We have shown that the IPr modulates mRNA levels of several clusters of genes in dendritic cells, but the precise mechanism by which it regulates gene expression is unknown. Results: By comparing transcriptome of Lmp7+/+/Mecl1+/+ (WT) and Lmp7-/-/Mecl1-/- (dKO) thymocytes by microarray, we found that the IPr affects the expression of 50 transcripts. The genes source of these transcripts are clustered in the genome, and are enriched in cell cycle-associated functions. Moreover, an overlap of 2% is seen by comparing with transcripts modulated by the IPr in dendritic cells. Chymotrypsin-like activity is higher in dKO than in WT cells, due to β5 overexpression. Furthermore, ubiquitinated proteins levels are similar between WT and dKO cells whereas free ubiquitin is lower in dKO cells. We next investigated levels of ubiquitin on histones, since it represent an important reservoir of ubiquitin and it can regulate transcriptional activity. Our results show that H2B, but not H2A, ubiquitination is increased in dKO cells. Conclusion: The effect of IPr on transcription is tissue-specific and could be due to increased ubiquitinated H2B levels. While proteasomes clearly regulate transcription, the impact of IPr on transcription has never been investigated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».