NHR-49/PPARα regulates HLH-30/TFEB-mediated innate immune response via a flavincontaining monooxygenase in <i>C. elegans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The nematode C. elegans mounts an innate immune response against Gram-positive bacteria S. aureus by the transcriptional induction of multiple host defense genes. The expression of a majority of these genes is under the control of HLH-30, C. elegans homolog of TFEB (transcription factor EB) that also functions in the innate immune response in mammals. In addition to its role in host defense against S. aureus, HLH-30 acts as a nutritionally-controlled stress response factor. We wanted to deconvolve the response of C. elegans to nutritional challenge from the antibacterial response against S. aureus. To this end, we performed RNAseq profiling in wildtype and hlh-30 mutants that were either infected with S. aureus or were starved. Our RNAseq analysis showed that multiple HLH-30-dependent or-independent genes are specifically induced by S. aureus infection, and not by starvation. One of the genes that is highly induced by infection and not starvation is fmo-2, which encodes a member of the flavin-containing monooxygenase (FMO) family in C. elegans. We decided to characterize the role of FMO-2 in host defense in C. elegans by employing genetic, transgenic, and molecular approaches. We found that FMO-2 is important for host defense against S. aureus infection, and its induction during S. aureus infection is controlled by two transcription factors, HLH-30 and NHR-49 (C. elegans ortholog of the mammalian nuclear-hormone receptor, PPARα). Our results propose a model in which NHR-49 functions upstream of HLH-30 to bind to fmo-2 promoter and to induce its upregulation by functioning specifically in C. elegans intestine (the site of innate immune response), thereby providing host defense against S. aureus infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».