Loss of Dll4 expression in thymic epithelial cell monolayer culture is mediated by reduction in both burst size and burst frequency of its gene transcription
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Commitment of thymic seeding progenitor (TSP) cells to the T-lineage depends on Notch signaling, which requires engagement of the Notch1 receptor on TSPs by the Notch ligand Dll4 on thymic epithelial cells (TECs). We previously showed that when TECs are cultured as monolayers (2-D), Dll4 expression is rapidly lost, as is their ability to support T-cell development in vitro. In the present study, we aim to examine the regulation of Dll4 expression in TECs at the levels of gene transcription and mRNA degradation in TECs from E15 embryos using a combination of multiple techniques. The half-life of Dll4 mRNA in TECs was found, by utilizing quantitative PCR (qPCR) combined with Uridine RNA analog pulse-labeling, only approximately 30 min, which makes its level very sensitive to changes in the rates of gene transcription. Nonetheless, reduction in gene transcription, rather than in mRNA stability, was determined to be the primary molecular mechanism underlying the loss of Dll4 expression in 2-D TECs. FoxN1, the transcription factor that drives thymic epithelial cell development, was found to bind to multiple sites at the Dll4 gene promoter and an enhancer region within its third intron by luciferase reporter assay. Consistent with the luciferase reporter assay result, enforced expression of FoxN1 in 2-D TECs restored Dll4 expression significantly. Further detailed analysis with PrimeFlow RNA assay revealed that FoxN1 regulates only the burst size, but not the burst frequency, of Dll4 gene transcription. We are currently working on identifying the transcription regulator(s) that could bind to the enhancer region to regulate the burst frequency of Dll4 gene transcription.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».