Interspecific allometric scaling in <scp>eDNA</scp> production among northwestern Atlantic bony fishes reflects physiological allometric scaling
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Relating environmental DNA (eDNA) signal strength to organism abundance requires a fundamental understanding of eDNA production. A number of studies have demonstrated that eDNA production may scale allometrically—that is, larger organisms tend to exhibit lower mass‐specific eDNA production rates, likely due to allometric scaling in key processes related to eDNA production (e.g., surface area, excretion/egestion). While most previous studies have examined intraspecific allometry, physiological rates and organism surface area also scale allometrically across species. We therefore hypothesize that eDNA production will similarly exhibit interspecific allometric scaling. To evaluate this hypothesis, we reanalyzed previously published eDNA data from Stoeckle et al. (ICES Journal of Marine Science, 78(1), 293–304, 2021) which compared metabarcoding read count to organism count and biomass data obtained from trawl surveys off the New Jersey coast. Using a Bayesian model, we empirically estimated the value of the allometric scaling coefficient (“b”) for Northwestern Atlantic bony fishes to be 0.77 (credible interval = 0.64–0.92), although our model failed to converge for Chondrichthyan species. We found that integrating allometry significantly improved correlations between organism abundance and metabarcoding read count relative to traditional metrics of abundance (density and biomass) for bony fishes. Although substantial unexplained variation remains in the relationship between read count and organism abundance, our study provides evidence that eDNA production may scale allometrically across species in some contexts. Future studies investigating the relationship between eDNA signal strength and metrics of fish abundance could potentially be improved by accounting for allometry; to this end, we developed an online tool that can facilitate the integration of allometry in eDNA/abundance relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».