Psmb11 molds the transcriptome of cortical TECs and CD8 thymocytes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Psmb11 is a catalytic subunit of the thymoproteasome, expressed exclusively in cTECs (cortical thymic epithelial cells). It has been shown that Psmb11-mediated positive selection is pivotal for the generation of an immunocompetent T-cell repertoire. We found that lack of Psmb11 results in a suite of gene expression changes in cTECs and not in mTECs, about 200 genes with enrichment in cell-cell interaction and antigen processing and presentation. One yet unsolved question is why the cellularity of CD8+ single-positive (SP8) but not SP4 thymocytes decreases strongly as a consequence of Psmb11-deficiency. Our transcriptomic analyses of pure SM, M1 and M2 subsets of developing SP4 and SP8 T cells show that the maturation of SP4 cells is essentially independent of Psmb11. However SP8 thymocytes present a dysregulated development with impaired migration, survival and lineage commitment in Psmb11 knock-out mice, also detected at the protein level by flow-cytometry. Thymocytes present decreased surface levels of CD127 on SP8 and slightly increased CD5 on all subsets. This indicates a stronger activation of the developing T cells, which alone cannot explain the impact on the SP8 cellularity. We have identified a novel role of Psmb11 in modulating, directly or indirectly, the expression of genes in cTECs, which is necessary to guide and complete the positive selection of SP8 thymocytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».