Dynamic cytokine gene expression characterized by increased IL-1 and IL-27 but decreased IL-8 occurs during development of bovine neonatal immunity.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We analyzed 18 RNA-seq libraries from 3 bovine calves at day 0, 7, 14 and 28, together with their dams (day 0 and 7) for cytokine gene expression. Expression of IL7, required for B- and T-cell development, significantly increases from day 0 to day 28 post-birth (LogFC 1.98, FDR 0.0054). By contrast IL7R gene expression significantly declined from day 0 to day 7 (LogFC −1.22, FDR 6.1E-08). The IL21 was expressed at low levels but IL21R gene expression increased day 0 vs day 7 (LogFC 1.17, FDR 0.000140). IL12B expression, a subunit of IL-12, increased from day 0 vs day 7 (LogFC1.14, FDR 0.016) and then declined. In parallel, IL12RB1 expression increased from day 0 to day 7 to achieve adult levels (LogFC1.31, FDR 5.5E-10). By contrast, IL12RB2 declined significantly within 7 days post-birth (LogFC −1.46, FDR 3.1E-05). Both IL12RB1 and IL12RB2 constitute IL12 receptor complex involved in T cell differentiation. The IL27 was expressed at low levels at birth but reached adult levels by day 7 (LogFC 1,66, FDR 0.006). The IL1B expression increased post-birth by day 7 (LogFC 1.44, FDR 0.0083) whereas IL1R2 gene was highly expressed at birth but declined by day 7 (LogFC −3.22, FDR 5.9E-34). Expression of chemokine IL8 that encodes CXCL8 declined day 0 vs day 7 post-birth (LogFC −1.13, FDR 0.00015). The pro-inflammatory cytokine TNFα gene expression increased by day 14 (LogFC 1.04, FDR 0.015). While various cytokines are expressed in a dynamic manner, an increase in IL-1B, IL-7, IL-12B and a decrease in IL-8 appears to be of functional significance in the development of neonatal immunity. These observations are in contrast to other species such as humans. [Supported by NSERC Discovery Grant]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».