Peptidome Diversities of human leukocyte antigen (HLA-B) allotypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The HLA class I genes encode proteins that present short peptide antigen to CD8 T cells, thereby alerting the immune system to the presence of intracellular pathogens and cancers. The HLA class I genes are highly polymorphic, and the polymorphisms influence their peptide-binding specificities. Each HLA variant binds to a diverse array of peptides, the peptidome. Much remains to be understood about HLA class I peptidome diversity variations and their influencing factors. Here we validate the use of Shannon entropy (SE) plots to quantify and compare the diversities of HLA class I peptidomes derived from multiple independently-derived mass spectrometric (MS) data sets. The intrinsic peptide-binding preferences of HLA class I molecules and/or their intracellular assembly characteristics could influence their peptidome diversities. In particular, tapasin is an assembly factor that edits and optimizes the peptide repertoire of many HLA class I molecules, but is non-essential for several other HLA class I molecules. It has been suggested that a tapasin-independent assembly pathway could result in a broader, more diverse peptide repertoire. However, MS-based comparisons indicate that, under cellular conditions of tapasin sufficiency, the peptidome of HLA-B*4405 (a prototypic tapasin-independent allotype) is not more diverse than that of HLA-B*4402 (a prototypic tapasin-dependent allotype). Rather, the intrinsic peptide-binding specificity of HLA-B4402 results in greater length and C-terminal sequence diversity of its peptidome. Together, these studies indicate that structural constraints imposed by MHC class I peptide binding grooves are key determinants of their peptidome diversities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».