Peptidome Diversities of human leukocyte antigen (HLA-B) allotypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The HLA class I genes encode proteins that present short peptide antigen to CD8 T cells, thereby alerting the immune system to the presence of intracellular pathogens and cancers. The HLA class I genes are highly polymorphic, and the polymorphisms influence their peptide-binding specificities. Each HLA variant binds to a diverse array of peptides, the peptidome. Much remains to be understood about HLA class I peptidome diversity variations and their influencing factors. Here we validate the use of Shannon entropy (SE) plots to quantify and compare the diversities of HLA class I peptidomes derived from multiple independently-derived mass spectrometric (MS) data sets. The intrinsic peptide-binding preferences of HLA class I molecules and/or their intracellular assembly characteristics could influence their peptidome diversities. In particular, tapasin is an assembly factor that edits and optimizes the peptide repertoire of many HLA class I molecules, but is non-essential for several other HLA class I molecules. It has been suggested that a tapasin-independent assembly pathway could result in a broader, more diverse peptide repertoire. However, MS-based comparisons indicate that, under cellular conditions of tapasin sufficiency, the peptidome of HLA-B*4405 (a prototypic tapasin-independent allotype) is not more diverse than that of HLA-B*4402 (a prototypic tapasin-dependent allotype). Rather, the intrinsic peptide-binding specificity of HLA-B4402 results in greater length and C-terminal sequence diversity of its peptidome. Together, these studies indicate that structural constraints imposed by MHC class I peptide binding grooves are key determinants of their peptidome diversities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».