Single cell analysis of transitional B cells reveals autocrine IFNβ sustains a dynamic type I IFN network in lupus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Increased selection of transitional B cells reactive with nucleic acid antigens is a prominent feature of systemic lupus erythematosus (SLE). We found that transitional stage 1 (T1) B cells from both human SLE patients and BXD2 lupus mice intrinsically express significantly higher levels of IFNα and IFNβ compared to normal individuals. IFNβ expression in T1 B cells was significantly correlated with the development of mature autoreactive 9G4+ B cells in SLE patients and La+ B cells in BXD2 mice. IFNβ was also specifically required for optimal B cell survival and TLR7 responses. In single T1 B cells isolated from Ifnb−/− vs. WT B6 bone marrow chimeras, upregulation of Ifnα7 was completely abrogated in single Ifnb−/− T1 B cells, while other genes (Ifna1, Ifna4, Cd86, Tlr7) were significantly but incompletely diminished implicating both autocrine and paracrine IFNβ activity. To resolve these signals in an autoimmune environment, single cell gene expression analysis was carried out on sorted BXD2 T1 B cells. Hierarchical clustering revealed three distinct gene expression patterns. Cluster 1 cells were “IFN producers” characterized by high expression of type I IFN genes, but low co-expression of IFN receptor genes, Ifnar1 and Ifnar2. Cluster 2 “IFN responders” exhibited the highest co-expression of both Ifnar1 and Ifnar2 as well as immunomodulatory IFN response genes (Irg1, IL6, Cd69, Cd86). Cluster 3 had low expression of type I IFN and IFNAR genes. Clusters 1 and 2 exhibited the highest Tlr7 expression, while Cluster 3 had the highest expression of Baffr and Tlr9. The heterogeneity of IFN signatures at the T1 stage suggests that varying interferonogenic phenomena can differentially prime T1 B cells for subsequent responses and cell fates.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».