High expression of genes encoding signaling molecules (<i>LAX1</i>, <i>BLK</i>) and transcriptional factors (ICOS, GATA3) characterizes bovine neonatal immunity.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We analyzed 18 RNA-seq libraries from 3 bovine calves at day 0, 7, 14 and 28, together with their dams (day 0 and 7) for cell signaling and transcription factors gene expression. LAX1, lymphocyte transmembrane adaptor 1 is consistently expressed at higher levels post-birth. Similarly, BLK, a cell signaling tyrosine kinase required for from pro- to pre-B cell transition is expressed at high levels 4 weeks post-birth. A trend for increased expression of Igα (CD79A) and Igβ (CD79B) in neonatal B cells is noted day 0 to day 28 (LogFC 0.8 and P-value< 0.05 FDR <0.15). The CD40 expression is also significantly increased day 0 versus day 14 (LogFC 1.05, FDR .00039) to achieve steady levels. A lack of increase in T-cell signaling molecules CD3G and CD3D expression suggests neonatal T cell quiescence, but is higher than the dams (FDR<0.05). However, the ICOS (CD278) expression is increased from day 0 to day 7 post-birth (LogFC 1.11, FDR 0.00027). Similarly, an increased expression of FOXP3, relevant to the development of regulatory T cells, occurs in bovine neonates day 0 vs day 7 (LogFc 1.23, FDR 0.00063). The expression of GATA3 transcription factor, regulator of innate and adaptive immunity associated with TH2 differentiation, is high in neonates as compared to the adults (FDR<0.001). As would be expected, various transcriptional factors and cell signaling molecules contribute towards T and B cell proliferation and expansion, but a lack of increased expression of CD3G and CD3D genes suggests T cell quiescence early during ontogeny. [Supported by NSERC Canada Discovery Grant]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».