Identification of molecular checkpoints in patients with prostate cancer immunized with PSA146-154 peptide vaccine (41.24)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The objective of the current study is to delineate genes that may be differentially expressed in responding versus non responding patients in the context of a completed PSA146-154 peptide vaccine protocol. 28 HLA-A2+ prostate cancer patients with high risk, local disease or metastatic, hormone sensitive disease in remission were vaccinated on weeks 1, 4, and 10 with peptide plus GM-CSF or peptide loaded autologous DC. Before and after PBMC were assessed for specific tetramer response and gene expression profiles per Affymetrix whole human genome arrays. Clinical status was evaluated per serial serum PSA. 13 of 27 patients achieved stable serum PSA (1 not evaluable), of whom 9 patients developed specific tetramer responses at six months post first vaccination. Thus the detectable immunity was associated with lower risk of PSA progression (p=0.02). Comparison of array data between responders and non responders indicated that 114 of 54,675 genes were differentially expressed (p<0.001). Notably VEGF-A, LIF, TNFRSF21 and IFNK, pertaining to the cytokine-cytokine receptor interaction pathway were predicted to be impacted (Impact factor=5.19). Taqman gene assays indicated that the expression of VEGF-A relative to GAPDH was greater in non responding compared to responding patients. Hence, VEGF-A is one of the likely candidates to impede vaccine efficacy, possibly by mediating its effects on antigen presenting cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».