Analysis of a Biopsy-Based Genomic Classifier in High-Risk Prostate Cancer: Meta-Analysis of the NRG Oncology/Radiation Therapy Oncology Group 9202, 9413, and 9902 Phase 3 Randomized Trials
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Decipher is a genomic classifier (GC) prospectively validated postprostatectomy. We validated the performance of the GC in pretreatment biopsy samples within the context of 3 randomized phase 3 high-risk definitive radiation therapy trials. METHODS AND MATERIALS: A prespecified analysis plan (NRG-GU-TS006) was approved to obtain formalin-fixed paraffin-embedded tissue from biopsy specimens from the NRG biobank from patients enrolled in the NRG/Radiation Therapy Oncology Group (RTOG) 9202, 9413, and 9902 phase 3 randomized trials. After central review, the highest-grade tumors were profiled on clinical-grade whole-transcriptome arrays and GC scores were obtained. The primary objective was to validate the independent prognostic ability for the GC for distant metastases (DM), and secondary for prostate cancer-specific mortality (PCSM) and overall survival (OS) with Cox univariable and multivariable analyses. RESULTS: GC scores were obtained on 385 samples, of which 265 passed microarray quality control (69%) and had a median follow-up of 11 years (interquartile range, 9-13). In the pooled cohort, on univariable analysis, the GC was shown to be a prognostic factor for DM (per 0.1 unit; subdistribution hazard ratio [sHR], 1.29; 95% confidence interval [CI], 1.18-1.41; P < .001), PCSM (sHR, 1.28; 95% CI, 1.16-1.41; P < .001), and OS (hazard ratio [HR], 1.16; 95% CI, 1.08-1.22; P < .001). On multivariable analyses, the GC (per 0.1 unit) was independently associated with DM (sHR, 1.22; 95% CI, 1.09-1.36), PCSM (sHR, 1.23; 95% CI, 1.09-1.39), and OS (HR, 1.12; 95% CI, 1.05-1.20) after adjusting for age, Prostate Specific Antigen, Gleason score, cT stage, trial, and randomized treatment arm. GC had similar prognostic ability in patients receiving short-term or long-term androgen-deprivation therapy, but the absolute improvement in outcome varied by GC risk. CONCLUSIONS: This is the first validation of a gene expression biomarker on pretreatment prostate cancer biopsy samples from prospective randomized trials and demonstrates an independent association of GC score with DM, PCSM, and OS. High-risk prostate cancer is a heterogeneous disease state, and GC can improve risk stratification to help personalize shared decision making.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,039 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,023 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».