An automated approach to high-plex cytometric immunophenotyping with CyTOF XT
Notice bibliographique
Résumé
Abstract CyTOF® mass cytometry is a single-cell analysis platform that uses isotope-tagged antibodies to resolve 50-plus markers in a single tube without signal compensation, making CyTOF ideal for routine immunophenotyping. CyTOF XT™, the latest CyTOF system, features automated sample acquisition. Stained samples were acquired in parallel using the automated CyTOF XT system and manually, using the Helios™ system, to assess performance of the automated system. Multiple suspension mass cytometry staining workflows were evaluated. Population frequencies and resolution indices for markers were assessed by manual gating. There was no significant difference between population frequencies analyzed between the two CyTOF systems. On average, samples acquired on CyTOF XT resulted in greater resolution between positive and negative populations compared to Helios. The Maxpar® Direct™ Immune Profiling System, which comprises the Maxpar® Direct™ Immune Profiling Assay™ and Maxpar Pathsetter™ software, was also compared on the CyTOF XT and Helios systems. The Maxpar Direct Immune Profiling Assay includes a 30-marker panel in a dry, single-tube format for staining human whole blood or PBMC. Maxpar Pathsetter automates reporting of population statistics and stain assessments for the panel. Maxpar Pathsetter showed comparable population frequencies between the two CyTOF systems and improved staining assessment on CyTOF XT. Overall, these studies find that the CyTOF XT system generates better signal resolution than the Helios system. Automated acquisition by CyTOF XT enables researchers to accurately and reproducibly streamline human immunophenotyping. For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».