A Prospectively Created Living Organoid Biobank of Crohn’s Disease Patients Enables Integrative Therapeutics
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Adult stem cells from various organs can be propagated as epithelial organoids that not only retain their tissue identity, but also their genetic and epigenetic disease-driving traits. We report the establishment of Crohn’s Disease (CD) patient-derived organoid cultures (PDOs) using biopsied tissues from colons of 50 consecutive subjects representing all clinical subtypes (Montreal Classification B1–B3 and perianal disease). Organoids were also generated from healthy subjects. The spectrum of phenotypic and genotypic changes within the “living biobank” agrees well with many observations reported in CD tissues. Gene expression analyses show that despite the heterogeneity of clinical subtypes, there are two major molecular subtypes, each with unique phenotypic features: immune-deficient infectious-CD [IDICD] and senescence-induced fibrostenotic-CD [SIFCD]. CD-PDOs are amenable to high-throughput drug screens allowing for the detection of phenotype reversal. As examples, defective barrier integrity in B1-PDOs was restored with pre-/pro-biotics, impaired microbial clearance in IDICD was reversed using agonists for nuclear receptors, and SIFCD was rectified using senolytics and - morphics. Phenotyped-genotyped CD-PDOs may fill the gap between basic biology and patient trials by enabling pre-clinical Phase ‘0’ human trials for personalized and integrative therapeutics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».