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Enregistrement W4313533900 · doi:10.1101/2023.01.03.521866

Decoding the relative contributions of extrinsic and intrinsic mechanisms in mediating heterogeneous spiking activities of sensory neurons in vivo using computational modeling

2023· preprint· en· W4313533900 sur OpenAlexafffund
Amin Akhshi, Myriah Haggard, Mariana M. Márquez, Saeed Farjami, Maurice J. Chacron, Anmar Khadra

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeural dynamics and brain function
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchCanada First Research Excellence Fund
Mots-clésNeuroscienceIn vivoConductanceBiological systemSensory systemDecoding methodsElectric fishComputer scienceBiophysicsBiologyChemistryPhysicsFish <Actinopterygii>Algorithm

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neurons ubiquitously display heterogeneities in spiking activity even within a given cell type. To date, the relative contributions of extrinsic mechanisms (e.g., synaptic bombardment) and intrinsic mechanisms (e.g., conductances, cell morphology) towards determining spiking activity remain poorly understood. Here we address this important question using a novel approach that combines biophysical techniques, in which extracellular in vivo recordings of electrosensory pyramidal cells within weakly electric fish, are combined with computational modeling. Specifically, by varying parameters, a conductance-based computational model successfully reproduced the highly heterogeneous spiking activities seen experimentally. Model parameters that varied the most were then used to gauge the relative contributions of extrinsic vs. intrinsic mechanisms. Overall, extrinsic synaptic input was predicted to be the main factor accounting for spiking heterogeneities. We tested this prediction experimentally by performing two different manipulations: i) pharmacologically inactivating feedback; ii) applying the neuromodulator serotonin. Our model predicted that feedback inactivation should reduce while serotonin application should increase spiking heterogeneities. Experiments corroborated these predictions. Importantly, for serotonin application, increased heterogeneity occurred despite a strong reduction in intrinsic membrane conductance, further demonstrating that extrinsic synaptic input is the primary determinant of spiking heterogeneities in vivo. Taken together, our results demonstrate that devising a computational model to capture spiking heterogeneities in vivo and assessing which parameters are responsible can successfully determine the relative contributions of extrinsic vs. intrinsic inputs. We expect this approach to be generalizable to other systems and species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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