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Enregistrement W4313535113 · doi:10.1371/journal.pcbi.1010750

Ten simple rules for implementing open and reproducible research practices after attending a training course

2023· review· en· W4313535113 sur OpenAlexaff
Verena Heise, Constance Holman, Hung Lo, Ekaterini Maria Lyras, Mark Christopher Adkins, Maria Raisa Jessica Aquino, Konstantinos I. Bougioukas, Katherine O. Bray, Martyna Gajos, Xuánzōng Guō, Corinna Hartling, Rodrigo Huerta-Gutiérrez, Miroslava Jindrová, Joanne Kenney, Adrianna P. Kępińska, Laura Kneller, Elena López-Rodríguez, Felix Mühlensiepen, Angela Richards, Gareth Richards, Maximilian Siebert, James Smith, Natalie Smith, Nicolai Stransky, Sirpa Tarvainen, Daniela S. Valdes, Kayleigh L. Warrington, Nina‐Maria Wilpert, Disa Witkowska, Mirela Zaneva, Jeanette Zanker, Tracey L. Weissgerber

Notice bibliographique

RevuePLoS Computational Biology · 2023
Typereview
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueScientific Computing and Data Management
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesNIHR Oxford Biomedical Research CentreDeutsche ForschungsgemeinschaftKing's College LondonNational Institute for Health and Care ResearchWellcome TrustEconomic and Social Research CouncilNIHR Maudsley Biomedical Research CentreBerlin Institute of HealthSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustWellcome
Mots-clésGrassrootsBest practiceMedical educationProcess (computing)Computer scienceSimple (philosophy)Training (meteorology)Knowledge managementPsychologyMedicineManagementPolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Open, reproducible, and replicable research practices are a fundamental part of science. Training is often organized on a grassroots level, offered by early career researchers, for early career researchers. Buffet style courses that cover many topics can inspire participants to try new things; however, they can also be overwhelming. Participants who want to implement new practices may not know where to start once they return to their research team. We describe ten simple rules to guide participants of relevant training courses in implementing robust research practices in their own projects, once they return to their research group. This includes (1) prioritizing and planning which practices to implement, which involves obtaining support and convincing others involved in the research project of the added value of implementing new practices; (2) managing problems that arise during implementation; and (3) making reproducible research and open science practices an integral part of a future research career. We also outline strategies that course organizers can use to prepare participants for implementation and support them during this process.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,318
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,299
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,991
Score d'incertitude au seuil0,841

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,3180,299
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,004
Bibliométrie0,0060,005
Études des sciences et des technologies0,0050,015
Communication savante0,0110,012
Science ouverte0,0090,009
Intégrité de la recherche0,0120,019
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,850
Tête enseignante GPT0,649
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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