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Enregistrement W4315607219 · doi:10.5463/thesis.82

The gut microbiota

2023· dissertation· en· W4315607219 sur OpenAlexfundno aff
Torsten P. M. Scheithauer

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesH2020 Marie Skłodowska-Curie ActionsCanadian Institutes of Health ResearchCH.I.L.D. FoundationHorizon 2020 Framework ProgrammeDiabetes FondsNovo NordiskNovo Nordisk FondenZonMwEuropean CommissionAmsterdam University Medical Centers
Mots-clésGut floraBiologyIntestinal permeabilityGut–brain axisImmune systemImmunologyMicrobiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The studies described in this thesis investigated how changes in the gut microbiota relate to alterations in the immune system and the development of beta-cell dysfunction. Moreover, we addressed the interrelation between intestinal immunoglobulins and gut microbiota in individuals with metabolic diseases. Chapter 1 provides a general introduction to the gut microbiota, the pathogenesis of T2D, and the function of IgA. Chapter 2 summarizes the current literature on gut microbiota, obesity, and T2D. A western diet leads to changes in gut microbial composition and intestinal physiology. Altered intestinal microbial composition promotes obesity by increasing energy harvest and gut permeability that may facilitate the translocation of bacteria or bacterial components into the circulation. Thereby, the gut microbiota can impact the function of metabolic organs. Interventions aiming to restore gut microbial homeostasis, such as ingestion of fibers or therapeutic microbes, are novel strategies to reduce metabolic abnormalities. Inflammation in the pancreas can lead to beta-cell dysfunction with the driving inflammatory triggers yet to be identified. The gut microbiota provides a plausible source of pro-inflammatory molecules. Chapter 3 shows that a high-fat diet significantly altered the gut and pancreatic bacterial signature in mice. Importantly, our findings could not be traced back to contamination, a well-known factor disturbing microbial signal identification in low-abundance samples. Our data point out that the pancreas comprises bacterial DNA. This underscores similar speculations and observations in the field implying that gut microbial components translocate and act on distal organs and tissue. Chapter 4 summarizes the current literature on gut microbiota and metabolic inflammation. T2D is characterized by a chronic state of low-grade inflammation, which has been linked to the development of insulin resistance. Intestinal microbiota drive the development of insulin resistance in obesity and T2D, possibly by initiating an inflammatory response. Overall, there is strong evidence for the tripartite interaction between the gut microbiota and the host’s immune system as well as metabolism. Chapter 5 explores how a (dysbiotic) gut microbiota can influence beta-cell dysfunction. Enterobacteriaceae, which harbors several pro-inflammatory bacteria such as Enterobacter cloacae, was more abundant in the gut of individuals with T2D. These bacteria can express flagellin, an integral part of the locomotive function of bacteria. Flagellin induced a pro-inflammatory response in pancreatic islets, which was at least partly mediated by toll-like receptor (TLR)-5 on resident islet macrophages. This inflammatory response was associated with beta-cell dysfunction, characterized by reduced insulin gene expression, impaired proinsulin processing, and stress-induced insulin hypersecretion. We postulate that increased systemically disseminated flagellin is a contributing factor to beta-cell failure and hence to T2D development in time. Chapter 6 addresses the effect of antibiotics-induced alterations in the gut microbiota on the intestinal antibody response. Individuals with or without metabolic syndrome received oral vancomycin for seven days. Coinciding with a surge in Gram-negative bacteria, fecal levels of the immunogenic bacterial components LPS and flagellin in- creased. Intestinal antibodies significantly increased, whereas peripheral antibodies were mostly unaffected by vancomycin treatment. Typical pro-inflammatory bacteria were mostly coated with IgA after antibiotic treatment. We suggest that the intestinal antibody response after antibiotic treatment prevents systemic inflammation. Chapter 7 addresses the intestinal antibody response after bariatric surgery, an 8-weight-loss surgery with significant consequences for gut microbiota composition. Body weight, fasting glucose, and inflammatory parameters decreased after bariatric surgery, whereas pro-inflammatory bacterial species, LPS, and flagellin increased. Simultaneously, concentrations of LPS- and flagellin-specific intestinal IgA levels increased. Serum antibodies decreased in both groups, along with a lower inflammatory tone. We concluded that intestinal rearrangement by bariatric surgery expands typical pro-inflammatory bacteria, which might be compensated by an improved antibody response. Chapter 8 summarizes the findings and gives future perspectives.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,086

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0050,002
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0260,012

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
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