Analysis of Transcriptome Response to Low Temperature Stress in <i>Mesembryanthemum</i> <i>crystallinum</i> Linn
Notice bibliographique
Résumé
The second generation of high throughput sequencing technology was used to sequence ice plant under low temperature stress and to construct transcriptome database. 24.13 Gb of valid data and 24 045 annotations of Unigene were obtained. DEGs of 1 902 (T0 vs T1) and 2 134 (T0 vs T2) were obtained. Two groups of DEGs were classified into 40 and 41 functional small categories respectively by GO database and were obtained respectively 20 and 24 functional categories by KOG database and were annotated 55 and 272 genes by comparing DEGs with KEGG database, which were enriched in 74 and 105 metabolic pathways respectively. DEGs of T0 vs T1 group mainly annotated to 4 metabolic pathways; DEGs of T0 vs T2 group mainly annotated to 11 metabolic pathways. It was showed that there were the metabolic pathways of positive correlation: acetone alcohol biosynthesis, purine metabolism, glutathione metabolism, fatty acid metabolism, brass metabolism, amino acid biosynthesis and other metabolic pathways, and the metabolic pathways of negative correlation: plant-pathogen interaction, plant hormone signal transduction, starch and sucrose metabolism. The key genes of starch and sucrose metabolism pathway were analyzed: the expression of 5 key genes, such as trehalose 6-phosphate synthase, trehalose-6-phosphatase, beta-amylase, glucose-1-adenosine phosphate transferase and glycogen phosphorylase, were up-regulated, but down-regulated gene was not observed during T1 (1h) of low-temperature stress; Three key genes of trehalose-6-phosphosynthase, hexokinase and beta-amylase, were up-regulated and the glucolactone-1,3-beta-glucosidase gene was down-regulated under low temperature stress at T2(36h). Eight DEGs in starch and sucrose metabolism pathway were selected and analyzed by Quantitative Real-time PCR. The relative expression level of 8 DEGs was consistent with the transcriptome expression profile analysis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».