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Enregistrement W4316036336 · doi:10.1094/php-09-22-0095-br

Multiplex PCR Assay for Rapid Identification of <i>Monilinia rubi</i>, the Causal Agent of Dry-Berry Disease of Caneberries

2023· article· en· W4316036336 sur OpenAlex
William A. Weldon, Gayle C. McGhee, Jeffery A. DeLong, Virginia O. Stockwell

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

aboutLe titre ou le résumé porte un signal canadien du lexique géographique.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevuePlant Health Progress · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFungal Plant Pathogen Control
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesAgricultural Research Service
Mots-clésBiologyBerryMultiplexPathogenAmpliconMultiplex polymerase chain reactionGenBankMicrobiologyBotanyPolymerase chain reactionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Monilinia rubi is the causal agent of dry-berry disease of raspberry and blackberry in northern Washington state and western Canada. The symptoms are visible on green fruits and include necrotic and dried drupelets with progressive necrosis from the receptacle into the peduncle. Diagnosis is based on symptoms, isolation, and identification of the slow-growing fungal pathogen. Diagnosis is slow and difficult with late-season tissues because abiotic stresses or other diseases may cause similar symptoms, and the slow-growing pathogen is not easily isolated from tissues harboring fast-growing environmental fungi. A multiplex PCR assay with primers to amplify an ITS region and beta-tubulin was designed to provide a rapid method to identify the pathogen in culture and in infected berry tissues. For M. rubi and infected berries, two amplicons that differ in length by 400 bp are visualized on agarose gels. No bands were obtained from fungal outgroups or nonsymptomatic berries. For further confirmation of the pathogen and the disease, a single amplicon can be sequenced directly from the multiplex reaction and compared with reference sequences in GenBank. This rapid multiplex assay streamlines diagnosis of dry-berry disease, and its application could provide valuable information on the range of the pathogen, especially in other caneberry production regions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,647
Score d'incertitude au seuil0,189

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,046
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle