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Enregistrement W4317869094 · doi:10.1016/j.nbd.2023.106008

Examining the biological mechanisms of human mental disorders resulting from gene-environment interdependence using novel functional genomic approaches

2023· article· en· W4317869094 sur OpenAlexafffund
Patrícia Pelufo Silveira, Michael J. Meaney

Notice bibliographique

RevueNeurobiology of Disease · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueHealth, Environment, Cognitive Aging
Établissements canadiensMcGill University Health CentreDouglas Mental Health University InstituteMcGill University
Organismes subventionnairesJacobs FoundationLudmer Centre for Neuroinformatics and Mental HealthHope for Depression Research FoundationHarvard UniversityCanadian Institutes of Health ResearchJPB Foundation
Mots-clésFunctional genomicsComputational biologyGenomicsContext (archaeology)DNA methylationHuman genomeChromatinBiologyGenomeData scienceGeneComputer scienceGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We explore how functional genomics approaches that integrate datasets from human and non-human model systems can improve our understanding of the effect of gene-environment interplay on the risk for mental disorders. We start by briefly defining the G-E paradigm and its challenges and then discuss the different levels of regulation of gene expression and the corresponding data existing in humans (genome wide genotyping, transcriptomics, DNA methylation, chromatin modifications, chromosome conformational changes, non-coding RNAs, proteomics and metabolomics), discussing novel approaches to the application of these data in the study of the origins of mental health. Finally, we discuss the multilevel integration of diverse types of data. Advance in the use of functional genomics in the context of a G-E perspective improves the detection of vulnerabilities, informing the development of preventive and therapeutic interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,138
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,125 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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