Detection for endogenous retroviral loci in Jungle fowl using whole-genome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Chickens harbor two primary families of endogenous retroviruses (ERVs): the avian leukosis virus (ALV) and endogenous avian retrovirus (EAV) families. Characterization of ERVs can provide crucial insights into avian evolution. This study aimed to identify novel ERV loci absent in the reference genome using whole-genome sequencing data of red junglefowl, gray junglefowl, Ceylon junglefowl, and green junglefowl. A total of 837 ERV loci were identified across the four Gallus species. The number of ERV loci detected in red junglefowl with its subspecies, gray junglefowl, Ceylon junglefowl, and green junglefowl, was 363, 217, 194, and 129 loci, respectively. The phylogenetic tree was congruent with previously reported trees, suggesting the potential for inferring relationships among past junglefowl populations from the identified ERV loci. Of the detected loci, 306 ERVs were identified near or within the genes, and some were associated with cell adhesion. The detected ERV sequences was in the long terminal repeat region and were classified as EAV-family, ALV-E, Ovex-1, and murine leukemia virus related ERVs. In addition, the sequence of the EAV family was divided into four patterns by combining the U3, R, and U5 regions. These findings contribute to a more comprehensive understanding of the characteristics of chicken ERVs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».