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Enregistrement W4318184917 · doi:10.1093/ibd/izac247.114

THE PRECIOUS STUDY: A PROSPECTIVE, OBSERVATIONAL STUDY OF CD8+ BIOMARKER BASED PROGNOSTIC TEST IN NORTH AMERICAN IBD PATIENTS

2023· article· en· W4318184917 sur OpenAlexaboutno aff
Lea Ann Chen, Keith Sultan, Melissa Weidner, Dana J. Lukin, Jordan E. Axelrad, Lawrence J. Saubermann, Parakkal Deepak, Caterina Oneto, Huimin Yu, Oriana M. Damas, Jenny Sauk, Maria Oliva‐Hemker, Sarah Sheibani, K. Hills, Lediona Ardolli, James Lee

Notice bibliographique

RevueInflammatory Bowel Diseases · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineObservational studyInternal medicineBiomarkerCohortProspective cohort studyCrohn's diseaseDiseaseCohort study

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract BACKGROUND The clinical course of IBD varies considerably among patients1. One barrier to personalized medicine in IBD is the lack of a reliable prognostic assay that can be used at diagnosis to guide effective therapy for each patient, to optimize clinical outcomes and minimize complications. To address this need, a whole-blood qPCR-based prognostic assay was developed to divide IBD patients into two subgroups2. This transcriptional signature yields CD8 T-cell exhaustion level data that correlated with disease outcomes among IBD patients in UK2. Here, we aimed to determine if this prognostic assay could stratify an ethnically diverse North American cohort of IBD patients at diagnosis into low and high-risk subgroups. METHODS PRECIOUS (Predicting Crohn’s & Colitis Outcomes in the United States) is a multi-centre, observational, double-blinded study of patients with active IBD, who are not receiving systemic steroids, immunomodulator, advanced small molecules or biologics. The study is recruiting up to 200 patients between 16-80 years of age, from 14 centres across the US and Canada. Patients are prospectively followed for >12 months after enrolment to monitor disease course, including the requirement for IBD-related surgery or treatment escalations. Patients and clinicians are blinded to the biomarker results and patients are treated according to local practice. RESULTS Of 120 patients recruited to date, 86 have reached the 12-month follow-up timepoint (Table 1). Of the 102 patients with complete race and ethnicity data (Table 1), 63.5% are non-Hispanic Whites, 13.7% identified as Hispanic/Latino, 11.8% Asian and 9.8% Black/African American. Biomarker results were obtained for 80 (88.8%) of the 90 samples tested to date – 10 (11.1%) of samples failed quality control. Of these 80 results, 38 patients (47.5%) were identified as high risk for disease progression and 42 (52.5%) as low risk – a similar breakdown to that seen in the UK cohort2. DISCUSSION This is the first trial of a prognostic biomarker for patients with CD and UC in North America. This patient population was significantly more diverse than the UK cohort which had ~98% White. This diversity is not generally reflected in clinical trials performed in the United States in which approximately 90% of participants for all conditions are White whereas non-Hispanic Whites represent approximately 60% of the U.S. population. 4,5. Our enrolment of only 63.5% non-Hispanic White subjects speaks to our targeted efforts to recruit a representative level of diversity into our study population to that represents the diversity of patients with IBD that are being diagnosed globally6.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
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