P005 0190Molecular-based classification of ulcerative colitis and its dynamic
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background A better characterization of inflammatory bowel disease is needed. We previously developed a molecular classification tool for Crohn’s disease, based on a combination of metagenomics (dysbiosis score - MDI), transcriptomics (barrier integrity score - BIS, autophagy score – ATS, unfolded protein response score - UPRS), serum proteomics (inflammation score - IPS) and genetics (polygenic risk score - GRS)1. We here investigated if this score could also apply for ulcerative colitis (UC) and how the individual components correlate with clinical outcomes. Methods For a total of 173 UC patients and 181 controls (CO), we collected faecal and blood samples, as well as colon biopsies (Table). Faecal microbiota 16S-sequencing, intestinal RNA-sequencing, and serum proteomics (OLINK inflammatory panel) were performed. Using proteomics and RNA expression data, IPS, ATS, UPRS and BIS were calculated. MDI was calculated as previously described1. Based on these findings, patients were categorized into quartiles, ranging from Q1 (the least dysfunctional state) to Q4 (the most dysfunctional state). The individual scores were correlated with time to first biological or biological switch, as well as correlations with C-reactive protein (CRP), faecal calprotectin (FC), and the Montreal classification. The therapeutic value of MDI score was studied in a small dietary intervention pilot study (n=8)2. Results None of the individual components of the score were associated with disease extent. Patients diagnosed at a later age had increased ATS and BIS levels. BIS and UPRS showed a positive correlation with disease duration (r=0.36, r=0.54 respectively, p<0.001) (Figure2). MDI (spearman r=0.27, r=0.44, r=0.46 respectively, all p<0.0001) and IPS (r=0.5, r=0.7, r=0.6 respectively, all p<0.0001) correlated with CRP and FC levels, and time to first biologic. UPRS, ATS, MDI, BIS, and IPS were considerably higher in patients who required a switch in biologic therapy (all p<0.001). Finally, we observed a decreasing trend in MDI in response to dietary modification (Figure3). Conclusion In UC patients, we created a multifaceted scoring system to molecularly describe disease by the degree of dysbiosis, dysregulation of the immune proteome, and intestinal barrier integrity. We also demonstrated the dynamic of MDI of this score in relation to dietary intervention. Therefore, molecular profiling of patients may represent a new, individualized strategy to the management of UC. References: 1. OP30 ECCO 2020, JCC 14(Supplement_1):S028-S0302. 2. P767 ECCO 2017, JCC 11(suppl_1):S473-S473.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,034 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».