Post‐Genomic Technologies
Notice bibliographique
Résumé
Genomic DNA copy number aberrations are frequent in solid tumors and genomic profiling of a number of different tumor types by array CGH has revealed variety in the numbers and types of copy number alterations in the tumor genomes.Copy number profiles distinguish tumor subtypes, and specific genomic alterations can be associated with other factors such as hormonal status or TP53 mutation status.Recurrent copy number aberrations, particularly amplifications, which are regions of focal high level copy number change, also focus attention on genes and the pathways in which they participate as candidates with roles in tumor development.Nevertheless, change in DNA copy number is only one way to alter expression of a gene.Other mechanisms for deregulation may be posttranscriptional, post-translational or involve alteration in expression of up stream genes, suggesting that the spectrum of alterations that one sees in fully developed tumors is a composite of selection acting on the variation that is permitted to arise by the particular failures in genome surveillance mechanism(s) present in the tumor.Here we review recent array CGH studies profiling breast and oral squamous cell carcinomas (SCC).We will focus on what we are learning about the underlying genomic instability that gives rise to particular copy number aberrations and discuss how we are taking advantage of the characteristics of oral pre-cancer and cancer genomes to take the next steps to identify genes important for tumor development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,038 | 0,042 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».