Feasibility of circulating tumor DNA (ctDNA) to guide organ preservation in patients with node-negative rectal cancer undergoing neoadjuvant chemotherapy, excision, and observation in the phase II CCTG CO.28 trial.
Notice bibliographique
Résumé
180 Background: CCTG CO.28 evaluated 3 months of neoadjuvant CAPOX or FOLFOX followed by transanal excision surgery (TES) in patients (pts) with T1-T3, N0 rectal cancers with the goal of organ preservation. Total mesorectal excision (TME) was recommended for inadequate downstaging or high-risk features on TES pathology. Detection of ctDNA is associated with a high rate of recurrence in high risk resected colorectal cancer. However, the sensitivity of ctDNA in early-stage rectal cancer is unclear. Methods: Tissue CGP was performed retrospectively on pretreatment resected tumor using Foundation OneCDx (F1CDx), followed by MRD detection using FoundationOneTracker. Briefly, variants were selected from F1CDx using an algorithm that filters out non-tumor derived variants (e.g. germline). A tumor-informed personalized multiplex PCR-next generation sequencing assay, consisting of up to 16 variants, was used to detect ctDNA and quantify plasma mean variant allelic frequency (VAF) and mean tumor molecules per mL of plasma (MTM/mL). FoundationOneTracker was performed on blood samples collected pre/post-neoadjuvant chemotherapy. Buffy coat sequencing was performed at FMI to validate the monitoring variant selection algorithm. Results: 52 pts underwent F1CDx and FoundationOneTracker analysis. KRAS mutations were observed in 60% (n =31) of cases; MSI-H and BRAF V600E mutations were not detected. From 1,580 distinct variants detected in tissue and paired buffy coat sequencing, 985 had VAF >30% in the buffy coat specimen and were considered germline. The variant selection algorithm filtered 99.8% (n = 983) of germline variants; the remaining 2 were not selected for primer design. A median of 7 variants (range 2-16) were tracked per pt. Detectable ctDNA was found in 0% (0/6), 19% (6/32) and 55% (6/11) of treatment naïve T1, T2 and T3ab cases, respectively, and 83% of those which were initially positive (10/12) cleared ctDNA post chemotherapy. Three pts had detectable ctDNA pre-excision, including 1 who was negative pretreatment. From 42 pts with pre/post-treatment plasma, 19 pts were recommended for TME; 2 had detectable ctDNA, 5 had ctDNA clearance, and 12 had no ctDNA detection. Conclusions: Node-negative rectal cancer exhibited ctDNA shed in a minority of pts, with most clearing ctDNA on chemotherapy before their TES. The dynamic ctDNA signal we demonstrate could supplement clinical factors in informing organ preservation in very early-stage rectal cancer. Larger studies are needed to determine if this information can be used to personalize therapy. Clinical trial information: NCT03259035 . [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».