Abstract WMP106: Sex-stratified Transethnic GWAS Meta-analysis Identifies Novel Candidates For Early Onset Ischemic Stroke
Notice bibliographique
Résumé
Background: Early onset ischemic stroke (IS) affects males and females unequally, but the etiologic background of the sex differences remains inadequately understood. We hypothesize that stratifying GWAS by sex provides an opportunity to 1) identify loci that shed light on mechanisms and pathways relevant to sex specific effects in IS and 2) discover novel IS loci. Methods: We performed a sex-stratified transethnic GWAS meta-analysis in 6,879 female IS cases and 11,264 male cases < 60 years-old and > 700,000 sex-matched controls from the Early Onset Stroke Genetics Consortium. We tested for difference (p-diff) between the men- and women-specific beta-estimates with corresponding standard errors using the t statistics. Results: We found genome-wide significant evidence for association (p < 5 х 10 -8 ) at a locus near NYAP2 for females (chr2:225661726:C:CT, p = 2.11 х 10 -8 , OR = 1.38, p-diff = 1.69 х 10 -4 ) and in PIAS4 for males (chr19:4013652:C:CA, p = 6.29 х 10 -9 , OR = 0.85, p-diff = 0.02) in transethnic analysis. NYAP2 has previously shown suggestive evidence for association with early onset menopause. PIAS4 , a candidate gene for migraine, has shown sex-specific expression levels in migraine patients compared to controls. Additional loci with suggestive evidence (p < 1 х 10 -6 ) for association in a sex-dependent manner included MMP1-MMP3 - MMP12 , a previously known stroke locus, for males (chr11:102822455:A:G, p = 3.99 х 10 -7 , OR = 1.17, p-diff = 0.02), and a novel stroke locus near TMX1 , a transmembrane platelet protein, for females (chr14:51193174:G:C, p = 4.15 х 10 -7 , OR = 1.76, p-diff = 4.08 х 10 -3 ). The known early onset IS locus ABO did not show evidence for sex-specific association despite suggestive association in the male stratified analysis (chr9:133274295:A:T, p = 3.15 х 10 -7 , OR = 1.17, p-diff = 0.81). Conclusions: We identified potential novel stroke loci and evidence for sex differences at other biologically relevant loci by stratifying GWAS by sex. To our knowledge, our cohort represents the largest early onset IS GWAS cohort to date. However, our findings require verification in large sample sizes and also evaluation in older onset IS. Sex-specific association analysis is a potentially useful tool for characterizing the genetic basis of early onset IS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,014 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».