Genomic epidemiology of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis isolates from Canadian dairy herds provides evidence for multiple infection events
Notice bibliographique
Résumé
(MAP) is the pathogen responsible for paratuberculosis or Johne's Disease (JD) in ruminants, which is responsible for substantial economic losses worldwide. MAP transmission primarily occurs through the fecal-oral route, and the introduction of an MAP infected animal into a herd is an important transmission route. In the current study, we characterized MAP isolates from 67 cows identified in 20 herds from the provinces of Quebec and Ontario, Canada. Whole genome sequencing (WGS) was performed and an average genome coverage (relative to K-10) of ∼14.9 fold was achieved. The total number of SNPs present in each isolate varied from 51 to 132 and differed significantly between herds. Isolates with the highest genetic variability were generally present in herds from Quebec. The isolates were broadly separated into two main clades and this distinction was not influenced by the province from which they originated. Analysis of 8 MIRU-VNTR loci and 11 SSR loci was performed on the 67 isolates from the 20 dairy herds and publicly available references, notably major genetic lineages and six isolates from the province of Newfoundland and Labrador. All 67 field isolates were phylogenetically classified as Type II (C-type) and according to MIRU-VNTR, the predominant type was INMV 2 (76.1%) among four distinct patterns. Multilocus SSR typing identified 49 distinct INMV SSR patterns. The discriminatory index of the multilocus SSR typing was 0.9846, which was much higher than MIRU-VNTR typing (0.3740). Although multilocus SSR analysis provides good discriminatory power, the resolution was not informative enough to determine inter-herd transmission. In select cases, SNP-based analysis was the only approach able to document disease transmission between herds, further validated by animal movement data. The presence of SNPs in several virulence genes, notably for PE, PPE, mce and mmpL, is expected to explain differential antigenic or pathogenetic host responses. SNP-based studies will provide insight into how MAP genetic variation may impact host-pathogen interactions. Our study highlights the informative power of WGS which is now recommended for epidemiological studies and to document mixed genotypes infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».