A workflow for studying enigmatic non-autonomous transposable elements across bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Compared to eukaryotes, repetitive sequences are rare in bacterial genomes and usually do not persist for long. Yet, there is at least one class of persistent prokaryotic mobile genetic elements: REPINs. REPINs are non-autonomous transposable elements replicated by single-copy transposases called RAYTs. REPIN-RAYT systems are mostly vertically inherited and have persisted in individual bacterial lineages for millions of years. Discovering and analyzing REPIN populations and their corresponding RAYT transposases in bacterial species can be rather laborious, hampering progress in understanding REPIN-RAYT biology and evolution. Here we present RAREFAN, a webservice that identifies REPIN populations and their corresponding RAYT transposase in a given set of bacterial genomes. We demonstrate RAREFAN’s capabilities by analyzing a set of 49 Stenotrophomonas maltophilia genomes, containing nine different REPIN-RAYT systems. We guide the reader through the process of identifying and analyzing REPIN-RAYT systems across S. maltophilia, highlighting erroneous associations between REPIN and RAYTs, and providing solutions on how to find correct associations. RAREFAN enables rapid, large-scale detection of REPINs and RAYTs, and provides insight into the fascinating world of intragenomic sequence populations in bacterial genomes. RAREFAN is available at http://rarefan.evolbio.mpg.de.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».