MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4319072067 · doi:10.1016/j.isci.2023.106130

Modern Japanese ancestry-derived variants reveal the formation process of the current Japanese regional gradations

2023· article· en· W4319072067 sur OpenAlexfundno aff
Yusuke Watanabe, Jun Ohashi

Notice bibliographique

RevueiScience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyKanazawa UniversityNational Museum of Nature and ScienceTrinity College DublinJapan Agency for Medical Research and Development
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismArchipelagoIndigenousPopulationDemographyEvolutionary biologyAncestry-informative markerBiologyPrehistoryGeographyAllele frequencyEast AsiaGenetic admixtureAlleleGenotypeGeneticsChinaEcologyArchaeologyGeneSociology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Modern Japanese people have two major ancestral populations: indigenous Jomon hunter-gatherers and continental East Asian farmers. To determine the formation process of the current Japanese population, we developed a detection method for variants derived from ancestral populations using a summary statistic, the ancestry marker index ( AMI ). We applied AMI to modern Japanese population samples and identified 208,648 single nucleotide polymorphisms (SNPs) that were likely derived from the Jomon people (Jomon-derived variants). Analysis of Jomon-derived variants in 10,842 modern Japanese individuals recruited from all over Japan revealed that the admixture proportions of the Jomon people varied between prefectures, probably owing to the prehistoric population size difference. The estimated allele frequencies of genome-wide SNPs in the ancestral populations of the modern Japanese suggested their adaptive phenotypic characteristics to their respective livelihoods. Based on our findings, we propose a formation model for the genotypic and phenotypic gradations of the current Japanese archipelago populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,520
Score d'incertitude au seuil0,171

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueiScienceMême sujetForensic and Genetic ResearchTravaux en français237 207