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Enregistrement W4319166170 · doi:10.1016/j.isci.2023.106145

Functional genomic analysis of Candida albicans protein kinases reveals modulators of morphogenesis in diverse environments

2023· article· en· W4319166170 sur OpenAlexafffund
Yunjin Lee, Saif Hossain, Jessie MacAlpine, Nicole Robbins, Leah E. Cowen

Notice bibliographique

RevueiScience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGenome CanadaCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésCandida albicansMorphogenesisFilamentationBiologyCorpus albicansCell biologyKinaseTranscription factorMutantFungal proteinVirulenceGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Candida albicans is a leading cause of mycotic infection. The ability to transition between yeast and filamentous forms is critical to C. albicans virulence and complex signaling pathways regulate this process. Here, we screened a C. albicans protein kinase mutant library in six environmental conditions to identify regulators of morphogenesis. We identified the uncharacterized gene orf19.3751 as a negative regulator of filamentation and follow-up investigations implicated a role for orf19.3751 in cell cycle regulation. We also uncovered a dual role for the kinases Ire1 and protein kinase A (Tpk1 and Tpk2) in C. albicans morphogenesis, specifically as negative regulators of wrinkly colony formation on solid medium but positive regulators of filamentation in liquid medium. Further analyses suggested Ire1 modulates morphogenesis in both media states in part through the transcription factor Hac1 and in part through independent mechanisms. Overall, this work provides insights into the signaling governing morphogenesis in C. albicans .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,433
Score d'incertitude au seuil0,294

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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