SARS-CoV-2 Omicron Subvariants Balance Host Cell Membrane, Receptor, and Antibody Docking via an Overlapping Target Site
Notice bibliographique
Résumé
Variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are emerging rapidly and offer surfaces that are optimized for recognition of host cell membranes while also evading antibodies arising from vaccinations and previous infections. Host cell infection is a multi-step process in which spike heads engage lipid bilayers and one or more angiotensin-converting enzyme 2 (ACE-2) receptors. Here, the membrane binding surfaces of Omicron subvariants are compared using cryo-electron microscopy (cEM) structures of spike trimers from BA.2, BA.2.12.1, BA.2.13, BA.2.75, BA.3, BA.4, and BA.5 viruses. Despite significant differences around mutated sites, they all maintain strong membrane binding propensities that first appeared in BA.1. Both their closed and open states retain elevated membrane docking capacities, although the presence of more closed than open states diminishes opportunities to bind receptors while enhancing membrane engagement. The electrostatic dipoles are generally conserved. However, the BA.2.75 spike dipole is compromised, and its ACE-2 affinity is increased, and BA.3 exhibits the opposite pattern. We propose that balancing the functional imperatives of a stable, readily cleavable spike that engages both lipid bilayers and receptors while avoiding host defenses underlies betacoronavirus evolution. This provides predictive criteria for rationalizing future pandemic waves and COVID-19 transmissibility while illuminating critical sites and strategies for simultaneously combating multiple variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».