Synergetic Effects of Alanine and Glycine in Blob-Based Methods for Predicting Protein Folding Times
Notice bibliographique
Résumé
The polypeptide PGlyAlaGlu was prepared with 20 mol % glycine (Gly), 36 mol % d, l -alanine (Ala), and 44 mol % d, l -glutamic acid (Glu) and labeled with the dye 1-pyrenemethylamine to yield a series of Py-PGlyAlaGlu samples. The fluorescence decays of the Py-PGlyAlaGlu samples were analyzed according to the fluorescence blob model (FBM) to obtain the number N blob exp of amino acids (aa’s) encompassed inside the subvolume V blob of the polypeptide probed by an excited pyrene. An N blob exp value of 29 (±2) was retrieved for Py-PGlyAlaGlu, which was much larger than for any of the copolypeptide PGlyGlu or PAlaGlu prepared with either Gly and Glu or Ala and Glu, respectively. The continuous increase in N blob exp with decreasing side chain size (SCS) from 10 aa’s for PGlu to 16 aa’s for PAlaGlu and 22 aa’s for PGlyGlu was used earlier to define the reach of an aa and determine the groups of aa’s that could interact with each other along a polypeptide backbone according to their SCS. These groups of aa’s, referred to as blobs, led to the implementation of blob-based models (BBM) to predict the folding time τ F theo,BBM of 145 proteins, which was found to match their experimental folding time τ F exp with a relatively high 0.71 correlation coefficient. Nevertheless, the much higher N blob exp value found for Py-PGlyAlaGlu compared to all other pyrene-labeled polypeptides studied to date indicates that the reach of aa’s along a polypeptide sequence is affected not only by SCS but also by synergetic effects between different aa’s. Following this new insight, a revised BBM was implemented to predict τ F theo,BBM for 195 proteins assuming the existence or absence of synergies to control the interactions between aa’s along a polypeptide sequence. Similarly good correlation coefficients of 0.71 and 0.74 were obtained for a direct 1:1 comparison of τ F exp and τ F theo,BBM for the 195 proteins without and with synergies, respectively. This result suggests that synergetic effects between different aa’s have little effect on τ F theo,BBM predicted from BBM underlying the robustness of this methodology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».