A single-tube, 44-marker CyTOF assay to assess antigen-specific immunity in whole blood human samples with data analysis solution
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Monitoring the immune response in the setting of infectious disease and cancer is critical to assess disease status and targets of immune therapy. CyTOF® mass cytometry enables multiplex cellular phenotyping with more than 50 markers, making it ideal for comprehensive immune profiling. CyTOF technology utilizes antibodies tagged with unique monoisotopic metals, resulting in distinct signals that provide a high-resolution multiparametric landscape of a single cell. The Maxpar® Direct™ Immune Profiling Assay™ is a pre-titrated, dried-down, 30-marker antibody cocktail for immune profiling of human whole blood and PBMC by CyTOF. Paired with Maxpar Pathsetter™ software, stained samples are automatically resolved into 37 immune populations including major lineages and their subsets. In this study, we expanded the 30-marker assay to a 44-marker panel including exhaustion markers such as PD-1 and CTLA-4, co-stimulation markers 4-1BB and ICOS, and intracellular cytoplasmic markers IFN-γ, TNF-α, IL-2, perforin and granzyme B to assess cellular function in PMA/ionomycin-stimulated whole blood cultures. We modified the existing Maxpar Pathsetter model to automate the analysis of the expanded panel and report on additional functional parameters such as T cell exhaustion and cytokine production. Next, we applied this panel to whole blood stimulated with CMV peptides to investigate antigen-specific immune responses in a viral infection model in concert with in-depth phenotypic assessment. Collectively, we demonstrate the flexibility of the Maxpar Direct Immune Profiling Assay to incorporate additional surface and intracellular markers to study antigen-specific immunity in the context of whole blood immune profiling. For RUO.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».