Complex immunogenomic control of serum thyroid hormone levels in fetuses and piglets challenged with Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) causes respiratory disease in piglets and reproductive disease in sows. However, the interaction between host immunity and hormone homeostasis is not completely understood but piglet and fetal serum thyroid hormone (i.e., T3 and T4) levels decrease rapidly in response to PRRSV infection. Our objective was to estimate genetic parameters, identify QTL, and uncover nearby candidate genes for T3 and/or T4 levels of piglets and fetuses challenged with PRRSV2. Serum from 5-week old pigs (N=1792) at 11 days post infection (dpi) with PRRSV2 were assayed for T3 levels (piglet_T3). While serum from fetuses (N=1267) at 12 or 21 dpi from sows (N=150) challenged with PRRSV2 in late gestation were assayed for T3 (fetal_T3) and T4 (fetal_T4) levels. Animals were genotyped for 60K or 650K SNPs, heritabilities were estimated and genome wide association studies were performed for each trait separately. We found all three traits to be moderately heritable (18–28%) and the significant QTL (N=37) across several chromosomes collectively explained 24–34% of the genetic variation. A shared QTL identified for all traits on chromosome 6 contained the IL12RB2 and IFI44 genes. The largest QTL identified for both piglet_T3 and fetal_T3 on chromosome 5 contained IL17RA. A large QTL identified for piglet_T3 on chromosome 7 contained 9 MHC genes (e.g., SLA-DMA, SLA-DOA, SLA-DQA, SLA-DRA, and MHC-IA7). In conclusion, our data support the concept that there are complex interactions between thyroid hormone levels and multiple immunogenetic pathways during PRRSV infection, and that there is potential to select for pleiotropic QTL to simultaneously improve host immunity for reproductive and respiratory PRRS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».