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Enregistrement W4319773899 · doi:10.1101/2023.02.08.527661

A Multi-omic and Multi-Species Analysis of Right Ventricular Failure

2023· preprint· en· W4319773899 sur OpenAlexaff
Jenna B. Mendelson, Jacob D. Sternbach, Michelle J. Doyle, Lauren J. Mills, Lynn M. Hartweck, Walt Tollison, John P. Carney, Matthew T. Lahti, Richard W. Bianco, Rajat Kalra, Felipe Kazmirczak, Charles C.T. Hindmarch, Stephen L. Archer, Kurt W. Prins, Cindy M. Martin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePulmonary Hypertension Research and Treatments
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthHouston Methodist Research InstituteHouston Methodist HospitalAmerican Heart Association
Mots-clésTranscriptomeBiologyProteomicsDownregulation and upregulationMetabolomicsHeart failurePulmonary hypertensionMuscle hypertrophyBeta oxidationInternal medicineGeneBioinformaticsComputational biologyGene expressionMedicineEndocrinologyFatty acidGeneticsBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Right ventricular failure (RVF) is a leading cause of morbidity and mortality in multiple cardiovascular diseases, but there are no approved treatments for RVF as therapeutic targets are not clearly defined. Contemporary transcriptomic/proteomic evaluations of RVF are predominately conducted in small animal studies, and data from large animal models are sparse. Moreover, a comparison of the molecular mediators of RVF across species is lacking. Here, we used transcriptomics and proteomics analyses to define the molecular pathways associated with cardiac MRI-derived values of RV hypertrophy, dilation, and dysfunction in pulmonary artery banded (PAB) piglets. Publicly available data from rat monocrotaline-induced RVF and pulmonary arterial hypertension patients with preserved or impaired RV function were used to compare the three species. Transcriptomic and proteomic analyses identified multiple pathways that were associated with RV dysfunction and remodeling in PAB pigs. Surprisingly, disruptions in fatty acid oxidation (FAO) and electron transport chain (ETC) proteins were different across the three species. FAO and ETC proteins and transcripts were mostly downregulated in rats, but were predominately upregulated in PAB pigs, which more closely matched the human data. Thus, the pig PAB metabolic molecular signature was more similar to human RVF than rodents. These data suggest there may be divergent molecular responses of RVF across species, and that pigs more accurately recapitulate the metabolic aspects of human RVF.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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